中國科學院昆明動物研究所牽頭，聯合泰國、柬埔寨等東南亞多國的34個科研團隊，組織發起“中國西南與東南亞人類學聯合研究聯盟(CASEAC)”，建立跨學科協同攻關團隊。研究團隊深入東南亞大陸雨林腹地，十余年間采集涵蓋五大語系、6個國家、30多個地方的東南亞人群樣本，并成功完成3023例深度全基因組測序，包含40例高精度長讀長測序數據，構建了目前最完整的東南亞人群遺傳變異數據集——SEA3K。
研究人員利用SEA3K數據深入分析群體遺傳結構，首次精確描繪了東南亞與東亞人群的遺傳親緣性及地理分化模式。發現大多數東南亞人群的遺傳結構主要與他們的地理分布格局一致，而非按語系聚類，表明人群間的分化主要通過地理隔離形成，印證了該地區復雜的遺傳交融與語言更替歷史。
同時，研究團隊在東南亞人群基因組中，發現東南亞人群適應熱帶雨林環境的關鍵基因。這些基因的功能涉及體質、免疫、代謝等適應性特征，揭示了東南亞人群應對熱帶環境的獨特進化策略。
研究還發現東南亞人群與已滅絕的古人類丹尼索瓦人的多次基因滲入，表明丹尼索瓦人可能在舊石器時代的亞洲東部地區廣泛分布，并可能在東南亞大陸與現代人發生多次混血。
目前，中國科學院昆明動物研究所已聯合國際合作伙伴正式啟動“東南亞人類基因組計劃”二期工程(SEA10K)。
